W XXI wieku w społeczeństwach zachodnich pogłębiało się odchodzenia od religii na rzecz praktycznego ateizmu. Obszar będący utożsamiany ze światem chrześcijańskim na skutek zmieniających się norm społecznych odchodził od chrześcijaństwa. Na początku wieku amerykański teolog Robert Nash stworzył termin „apateizm” (z połączenia słów „apatia” i „teizm”) określający postawę, że Bóg i religia nie mają znaczenia dla ludzkiego życia. Apateizm nie tworzył nowej doktryny, a jedynie opisywał zjawisku już istniejące, coraz bardziej popularne w Zachodnich społeczeństwach.

W 2005 roku po okresie dłuższego niedomagania zmarł Jan Paweł II. Polak zasiadał na tronie Piotrowym przez 27 lat. Jako jego następcę wybrano Niemca Josepha Ratzingera, który przybrał imię Benedykta XVI. Nowy papież uchodził za konserwatystę, eksperta od teologii, ale nie miał tak ciepłego wizerunku, jak poprzednik. W 2006 roku biskup Rzymu wygłosił wykład na uniwersytecie ratyzbońskim pod tytułem „Wiara, rozum i uniwersytet”, w którym poruszył kwestię stosunku chrześcijaństwa i islamu do nauki. Benedykt XVI cytował dialog cesarza bizantyjskiego Manuela II z nieznanym z imienia Persem, a jego słowa – co godne zaznaczenia, wyrwane z kontekstu – wywołały kontrowersje w muzułmańskim świecie. Zarzucano mu brak zrozumienia islamu. Sam papież przeprosił. 38 muzułmańskich uczonych napisało list, w którym przyjęli przeprosiny. Jeszcze w tym samym roku, próbując odbudować dialog religijny, papież zawitał do Błękitnego Meczetu w Stambule.

W 2013 roku świat zdziwiła decyzja o abdykacji urzędującego papieża. Była to pierwsza taka rezygnacja biskupa Rzymu od niemalże sześciuset lat. Jako powód wskazał pogarszający się stan zdrowia. Papież emeryt usunął się w cień, z rzadka pokazując się publicznie. Zmarł 31 grudnia 2022 roku.

Konklawe 2013 roku wyniosło na tron Piotrowy Argentyńczyka Jorge Bergoglio, który przybrał imię Franciszek. Jako przedstawiciel liberalnej strony Kościoła, nowy papież zrezygnował z kilku tradycyjnych elementów (m.in. czerwonych butów czy złotego krzyża, pozostając przy srebrnym biskupim). Mimo dobrej prasy na początku pontyfikatu, w 2022 roku opinia publiczna stała się mniej przychylna wobec papieża Franciszka, z uwagi na jego stosunek do wojny ukraińsko-rosyjskiej. Papież w swych wypowiedziach nie wskazywał na Rosję jako agresora, a wręcz podkreślał, że wina leży po obu stronach. Jego liberalne podejście powodowało niezadowolenie wśród konserwatywnej części Kościoła. Gdy w trakcie kryzysu migracyjnego zachęcał do pomocy uchodźcom, prawicowi politycy zarzucali, że pochodzący z Ameryki Południowej papież nie rozumie Europy.

Kościół Katolicki od początku wieku borykał się z wieloma problemami, których nie udawało się rozwiązać. Szczególnie krytykowany był za ukrywanie księży winnych nadużyć seksualnych. Rozliczanie win i przepraszanie trwało długo i dosyć wolno, czasem ponad trzydzieści lat, i obecnie wciąż trudno uznać sprawę za zamkniętą. Innym problemem natury organizacyjnej było zarządzanie bankiem watykańskim. Malejąca liczba wiernych w krajach Europy odbiła się także w postaci kryzysu powołań kapłańskich, mimo to w Afryce, zwłaszcza środkowej, liczba katolików wzrasta.

W 2008 roku patriarchat moskiewski trafił w ręce Cyryla I. W 2016 roku zwierzchnik rosyjskiego kościoła prawosławnego spotkał się z papieżem Franciszkiem w ramach rozwoju dialogu ekumenicznego. Równocześnie Cyryl wyrażał się krytycznie o kościołach protestanckich. W miarę upływu czasu jego postawa stawała się coraz bliższa włodarzom Kremla. W 2018 roku wyodrębniono autokefaliczny Kościół Prawosławny Ukrainy, jednak Cyryl nie uznał tego rozłamu (uznania nie udzieliły także Patriarchat Serbski oraz Polski Kościół Autokefaliczny). W 2022 roku Cyryl udzielił jawnego poparcia dla rosyjskiej agresji na Ukrainę. Cerkiew rosyjska związała się niepokojąco blisko z Kremlem.

Chrześcijanie ciągle pozostają prześladowaną grupą religijną w niektórych państwach, m.in, w Korei Północnej, Pakistanie, Iranie czy Afganistanie.

Wojna z terroryzmem i rozpowszechnianie się fundamentalizmu islamskiego stanowiło ważne wyzwanie dla świata Zachodu, ale wśród ofiar zamachów terrorystycznych na świecie nader liczną grupę stanowią sami muzułmanie (np. zamachy w Pakistanie czy Iraku). Od 2017 roku ma miejsce w buddyjskiej Mjanmie ludobójstwo Rohingja, etnicznej mniejszości, wyznającej przede wszystkim islam. Można natknąć się na opinie wprost wskazujące Rohingja jako najbardziej prześladowaną grupę etniczną na świecie. W Chinach trwa ludobójstwo muzułmańskich Ujgurów.

Konserwatywni muzułmanie także rosną w siłę. W Turcji po latach kemalizmu powrócili do głosu islamiści, w Egipcie wojskowi siłą odsunęli od władzy Bractwo Muzułmańskie. Talibowie na powrót przejęli władze w Afganistanie, a mimo notorycznie wybuchających protestów, religijni konserwatyści twardo trzymają w garści Iran. W Arabii Saudyjskiej wciąż dominuje silna islamska tradycja i chociaż król poczynił pewne ustępstwa (np. nadając kobietom prawa wyborcze), jest to ciągle państwo stricte islamskie.